Berdasarkan Peraturan Bupati Nomor 71 tahun 2017 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas dan Fungsi Serta Tata Kerja Kecamatan.

Struktur Organisasi Kecamatan Warungasem yaitu: 

Camat sebagai Pimpinan, Sekretaris Kecamatan, Kepala Seksi Pelayanan Umum dan Perijinan, Kepala Seksi Pemberdayaan Masyarakat dan Kesejahteraan Sosial, Kepala Seksi Ketentraman dan Ketertiban, Kepala Seksi Pemerintahan, Kepala Sub Bagian Program dan Keuangan, Kepala Sub Bagian Umum dan Kepegawaian, dan Jabatan Fungsional Umum atau staf